冷凍干燥機將潮濕高溫的壓縮空氣流入前置冷卻器散熱后流入熱交換器與從蒸發器排出來的冷空氣進行熱交換，使進入蒸發器的壓縮空氣的溫度降低。換熱后的壓縮空氣流入蒸發器通過蒸發器的換熱功能與制冷劑熱交換，壓縮空氣中的熱量被制冷劑帶走，壓縮空氣迅速冷卻，潮濕空氣中的水份達到飽和溫度迅速冷凝，冷凝后的水份經凝聚后形成水滴，經過*氣水分離器高速旋轉，水分因離心力的作用與空氣分離，分離后水從自動排水閥處排出。
　　降溫后的冷空氣流經空氣熱交換與入口的高溫潮濕熱空氣進行熱交換，經熱交換的冷空氣因吸收了入口空氣的熱量提升了溫度，同時壓縮空氣還經過冷凍系統的二次冷凝器與高溫的冷媒再次熱交換使出口的溫度得到充分的加熱，確保出口空氣管路不結露。同時充分利用了出口空氣的冷源，保證了幾臺冷凍系統的冷凝效果，確保了冷凍干燥機出口空氣的質量。
　　對于冷凍干燥機的關機操作，我們要做到以下幾點：
　　1.將快速充氣閥接嘴插入快速充氣閥座，同時關“真空泵”電源開關，使空氣緩緩進入冷肼;如需充入惰性氣體，則將惰性氣體的減壓導管連接“充氣口”；
　　2.關“真空計”、“制冷機”，如長期不用應拔掉電源線；
　　3.提起有機玻璃罩，將物品取出，保存，冷凍干燥結束；
　　4.冷肼中的冰化成水后，需將水從快速充氣閥口排除，操作與充氣相似；
　　5.清理冷肼中的水分和雜質，妥善保養設備；
　　6.多歧管型冷凍干燥機應逐個關閉橡膠閥并取下凍干瓶后再重復關機操作。